金相顯微鏡與光學顯微鏡存在很大的區別，主要有以下幾方面：
一、光源不同：金相顯微鏡采用可見光作為光源，掃描電鏡采用電子束作為光源成像。
二、原理不同：金相顯微鏡利用幾何光學成像原理進行成像，掃描電鏡利用高能量電子束轟擊樣品表面，激發出樣品表面的各種物理信號，再利用不同的信號探測器接受物理信號轉換成圖像信息。
三、分辨率：金相顯微鏡因為光的干涉與衍射作用，分辨率只能局限于0.2-0.5um之間。掃描電鏡因為采用電子束作為光源，其分辨率可達到1-3nm之間，因此金相顯微鏡的組織觀察屬于微米級分析，掃描電鏡的組織觀測屬于納米級分析。
四、景深：一般金相顯微鏡的景深在2-3um之間，因此對樣品的表面光滑程度具有極高的要求，所以制樣過程相對比較復雜。掃描電鏡的景深則可高達幾個。
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