1．血漿凝固酶（Coagulase）是能使含有枸椽酸鈉或肝素抗凝劑的人或兔血漿發生凝固的酶類物質，致病菌株多能產生，常作為鑒別葡萄球菌有無致病性的重要標志。凝固酶有兩種：一種是分泌至菌體外的，稱為游離凝固酶（Free coagulase）為蛋白質。作用類似凝血酶原物質，可被人或兔血漿中的協同因子(Cofactor)激活變成凝血酶樣物質后，使液態的纖維蛋白原變成固態的纖維蛋白，從而使血漿凝固。另一種凝固酶結合于菌體表面并不釋放，稱為結合凝固酶(Bound coagulase)或凝聚因子(Chumping factor)，在該菌株的表面起纖維蛋白原的特異受體作用，細菌混懸于人或兔血漿中時，纖維蛋白原與菌體受體交聯而使細菌凝聚。游離凝固酶采用試管法檢測，結合凝固酶則以玻片法測試。凝固酶耐熱，粗制品100℃30分鐘或高壓滅菌后仍保持部分活性，但易被蛋白分解酶破壞。
凝固酶和葡萄球菌的毒力關系密切。凝固酶陽性菌株進入機體后，使血液或血漿中的纖維蛋白沉積于菌體表面，阻礙體內吞噬細胞的吞噬，即使被吞噬后，也不易被殺死。同時，凝固酶集聚在菌體四周，亦能保護病菌不受血清中殺菌物質的作用。葡萄球菌引起的感染易于局限化和形成血栓，與凝固酶的生成有關。
凝固酶具有免疫原性，刺激機體產生的抗體對凝固酶陽性的細菌感染有一定的保護作用。慢性感染患者血清可有凝固酶抗體的存在。
2．葡萄球菌溶血素（Staphylolysin）多數致病性葡萄球菌產生溶血等。按抗原性不同，至少有α、β、γ、δ、ε五種，對人類在致病作用的主要是α溶血素。它是一種“攻擊因子”，化學成分為蛋白質，分子量約為30，000，不耐熱，65℃30分鐘即可破壞。如將α-溶血素注入動物皮內，能引起皮膚壞死，如靜脈注射，則導致動物迅速死亡。α溶血素還能使小血管收縮，導致局部缺血和壞死，并能引起平滑肌痙攣。α溶血素是一種外毒素，具有良好的抗原性。經甲醛處理可制成類毒素。
3．殺白細胞素（Leukocidin）含F和S兩種蛋白質，能殺死人和兔的多形核粒細胞和巨噬細胞。此毒素有抗原性，不耐熱，產生的抗體能阻止葡萄球菌感染的復發。
4．腸毒素（Enterotoxin）從臨床分離的金黃色葡萄球菌，約1/3產生腸毒素，按抗原性和等電點等不同，葡萄球菌腸毒素分A、B、C1、C2、C3、D、E和F八個血清型(F這個血清型已經被取消了，因為事實上，F型腸毒素就是TSST1)，細菌能產生一型或兩型以上的腸毒素，腸毒素是單一的多肽鏈，含有較多的賴氨酸、酪氨酸、天門冬氨酸和谷氨酸。腸毒素可引起急性胃腸炎即食物中毒。與產毒菌株污染了牛奶、肉類、魚是蝦、蛋類等食品有關，在20℃以上經8～10小時即可產生大量的腸毒素。腸毒素是一種可溶性蛋白質，耐熱，經100℃煮沸30分鐘不被破壞，也不受胰蛋白酶的影響，故誤食污染腸毒素的食物后，在腸道作用于內脂神經受體，傳入中樞，刺激嘔吐中樞，引起嘔吐，并產生急性胃腸炎癥狀。發病急，病程短，恢復快。一般潛伏期為1～6小時，出現頭暈、嘔吐、腹瀉，發病1～2日可自行恢復，愈后良好。
5．表皮溶解毒素（Epidermolytic toxin）也稱表皮剝脫毒素（Exfoliatin)引起人類或新生小鼠的表皮剝脫性病變。主要發生于新生兒和嬰幼兒，引導起燙傷樣皮膚綜合征。主要由噬菌體Ⅱ型金葡萄產生的一種蛋白質，分子量24，000，具有抗原性，可被甲醛脫毒成類毒素。
6．毒性休克綜合毒素Ⅰ（Toxic shock syndrome toxin1,TSST1）系噬菌體Ⅰ群金黃色葡萄球菌產生。可引起發熱，增加對內毒素的敏感性。增強毛細血管通透性，引起必血管紊亂而導致休克。
7．其他葡萄球菌尚可產生葡激酶（Staphylokinase），亦稱葡萄球菌溶纖維蛋白酶（Staphylococcal fibrinolysin），產生耐熱核酸酶(Heat-stable nuclease)，透明質酸酶(Hyaluronidase)，脂酶(Lipase)等。