鉤端螺旋體病的臨床癥狀是極復雜多樣的，輕型病例可以無明顯癥狀，嚴重的則甚至可以引起死亡。不同菌型和同一菌型的不同毒力株，以及由于受感染者的個體差別和免疫力的差異等因素，都能影響臨床表現。另一方面鉤端螺旋體侵犯不同的臟器，所以，其臨床癥狀實為在流行性感染性疾病基本表現的基礎上，加上臟器受損的癥狀如肝炎、腎炎、腦膜炎、肺炎、出血等。
1．潛伏期 本病的潛伏期多為5～10天。潛伏期最短1天，最長有達35天者。
2．臨床表現 多數病例為突發4～7日自限性無黃疸病，特征為發熱驟起、頭痛、肌痛、發冷、咳嗽、胸痛、頸硬等。約10%病例出現黃疸、出血、腎衰竭及神經功能失常。體征有發熱38℃～40℃、結膜溢血、肝腫大、脾腫大、彌漫性腹部壓痛、肌肉壓痛、腦膜病征（12%～40%）以及軀干斑性、蕁麻診性或紫癜性皮疹）等。
鉤端螺旋體病的臨床癥狀可極懸殊，輕者可無任何自覺癥狀或僅有類似上呼吸道感染的癥狀，重者可出現肝、腎功能衰竭、肺大出血甚至死亡。