鉤端螺旋體自皮膚,粘膜等途徑侵入機體后,在血液中迅速生長繁殖。發病的第一周內可以在周圍血液中找到病原體,然后被網狀內皮系統清除。對機體首先產生小血管內皮損傷,使小血管出血及鉤端螺旋體移行至組織內,產生組織相對缺氧。
臨床上的表現通常反映病理的發展過程,例如黃疸表示患者的肝臟受侵犯,無尿或少尿表示腎功能的受損,腦或腦膜癥狀顯示腦中樞神經的損害,出血往往表示有毛細血管的病變以及凝血機制障礙等等。