病理改變
1.肝臟 病變可輕可重。輕的在外觀上看不到明顯的異常，顯微鏡下只見到輕度間質水腫和血管充血以及散在的灶性壞死。嚴重病例出現黃疸、肝臟腫大；鏡下可見到匯管區周圍以中性細胞為主的細胞浸潤，肝臟有明顯的壞死灶，肝細胞可呈現腫脹、脂肪變或空泡形成，部分肝細胞壞死并可見核分裂，嚴重的肝細胞排列離散零亂。有些肝臟的病理改變以膽汁排泄障礙為主，肝細胞壞死則為次要，這類患者的血清轉氨酶多為輕度升高。
2.腎臟 鉤端螺旋體病的腎臟改變主要是間質性腎炎。腎臟外觀腫脹，腎皮質加寬，髓質充血，腎包膜下皮質及腎盂可有出血點或出血斑，有時腎盂還可能有血塊。顯微鏡下的主要病變在腎小管，特別是在遠端曲管和亨氏袢的升支腎小管上皮混濁腫脹或壞死，部分脫落在管腔內而其它則仍在基底膜上。腎小管管腔內可充滿血細胞或透明管型，由于這些內容物的阻塞可引起腎小管的近端擴張，腎小管周圍的間質呈現水腫并有淋巴細胞、單核細胞、漿細胞及少量多形核細胞的浸潤。腎小管的損傷往往影響到腎臟的正常結構，被成堆變性上皮細胞或破碎不全的擴散腎小管所取代。一般來說，腎小球的病變并不嚴重。
3.肺 肺部的主要病變為出血，在肺部表面可觀察到有出血點或片狀出血，氣管、支氣管粘膜出血，往往甚至有大量的間質和肺泡內出血和明顯的肺水腫。
4.心臟 在心包膜上可能看到點狀出血。心肌可顯示肌纖維的透明性變或顆粒性變，并有問質水腫。
5.其它臟器的病理改變
脾臟在一般情況下脾臟的大小正常，但多有充血。多數情況下可見出血，出血可為小點狀也可為大片出血，脾臟的正常結構被破壞，可見明顯的吞噬現象。
腎上腺出血，皮質可見到多發性的出血灶，偶可見梗死性病變。
胰腺可出現壞死區，并在其周圍有嗜中性細胞和淋巴細胞浸潤。
淋巴結尤其是頸部淋巴結，滑車上、腹股溝以及腸系膜淋巴結可見充血或出血，并有明顯的吞噬現象。
骨髓可見到粒細胞系統的增生。
生殖系統可見子宮內膜的明顯出血，睪丸及前列腺可有小量出血。
膀胱及輸尿管壁可見點狀出血。
胃腸道可見口腔粘膜出血，胃壁及腸道粘膜可有彌漫性的充血及出血。
腦及脊髓可出現充血，在硬膜下或蜘蛛網膜下常可見到出血、腦動脈炎、腦梗塞及腦萎縮。鏡下檢查腦及脊髓的白質可見淋巴細胞浸潤。
橫紋肌的外觀雖然正常，但常可見到點狀出血，在胸大肌、肋間肌、腰大肌、腓腸肌、腹壁肌及膈肌、上壁和大腿肌肉尤為多見。顯微鏡下可見肌纖維的紋狀結構消失，在肌纖維細胞漿出現顆粒或透明變性以后，可見到核增生或內膜增生。在肌問質中可見到出血及鉤端螺旋體。
臨床表現
鉤端螺旋體病的臨床癥狀是極復雜多樣的，輕型病例可以無明顯癥狀，嚴重的則甚至可以引起死亡。不同菌型和同一菌型的不同毒力株，以及由于受感染者的個體差別和免疫力的差異等因素，都能影響臨床表現。另一方面鉤端螺旋體侵犯不同的臟器，所以，其臨床癥狀實為在流行性感染性疾病基本表現的基礎上，加上臟器受損的癥狀如肝炎、腎炎、腦膜炎、肺炎、出血等。
1．潛伏期 本病的潛伏期多為5～10天。潛伏期最短1天，最長有達35天者。
2．臨床表現 多數病例為突發4～7日自限性無黃疸病，特征為發熱驟起、頭痛、肌痛、發冷、咳嗽、胸痛、頸硬等。約10%病例出現黃疸、出血、腎衰竭及神經功能失常。體征有發熱38℃～40℃、結膜溢血、肝腫大、脾腫大、彌漫性腹部壓痛、肌肉壓痛、腦膜病征（12%～40%）以及軀干斑性、蕁麻診性或紫癜性皮疹）等。
鉤端螺旋體病的臨床癥狀可極懸殊，輕者可無任何自覺癥狀或僅有類似上呼吸道感染的癥狀，重者可出現肝、腎功能衰竭、肺大出血甚至死亡。