SDS聚丙烯酰胺凝膠染色是蛋白質研究的一個基礎方法。染色方法有很多，實際應用中，考馬斯亮藍染色（考染）和銀染是運用的最多的方法。
考馬斯亮藍G250在游離狀態下呈紅色，它與蛋白質結合后變為藍色，結合物在595 nm波長下有最大光吸收。其光吸收值與蛋白質含量成正比，因此可用于蛋白質的定量測定。
銀染實驗中，在堿性條件下，銀離子被還原成金屬銀，沉淀在蛋白質的表面上顯色。蛋白電泳后的 SDS-聚丙烯酰胺凝膠在甲醇溶液中浸泡后，水洗后用硝酸銀溶液銀染，再水洗后用碳酸鈉甲醇水溶液顯色。
與考染相比，銀染具有靈敏度高的優點，很多做環境、植物、育種等方面的客戶，都會做銀染方面的實驗。銀染對于試劑的要求比較高，尤其對其中使用純水的水質要求比較高。上海樂楓（RephiLe）技術人員根據自身經驗以及相關文獻中的方法為用戶提出以下銀染實驗方案：
一、儀器和試劑
乙酸（1%），顯影液（2.5%碳酸鈉和0.02%甲醛水溶液），乙醇（30%），固定液（乙醇:冰醋酸:水（30:10:60）），硝酸銀溶液（0.1%），顯影液（將溶液A在850 mL去離子水中加入37 g NaCl和37 g CuSO4，再加入濃氨水直到深藍色沉淀形成然后溶解，定容至1 L）和溶液B（在900 mL去離子水中加入436 g 硫代硫酸鈉，定容至1 L）混合，加三倍水稀釋，立即使用
二、試驗方法
1. 通過SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳分離蛋白質；
2. 將凝膠浸泡在至少5倍體積的固定液中，室溫下平緩搖動4 - 12 h，使蛋白固定；
3. 棄去固定液，加至少5倍體積的30%乙醇，室溫下平緩搖動30 min；
4. 重復步驟3；
5. 棄去乙醇，加10倍體積的純水（去離子水），室溫下平緩搖動10 min；
6. 重復步驟5兩次；
7. 棄去清洗用水，加5倍體積的硝酸銀溶液，室溫下平緩搖動30 min；
8. 棄去硝酸銀溶液，用純水（去離子水）漂洗凝膠兩面，每面20 s；
9. 加5倍體積的新鮮顯影液，室溫下平緩搖動，數分鐘內出現蛋白質的染色條帶，繼續至條帶清晰；
10. 用1%乙酸清洗凝膠終止反應，再用純水（去離子水）水漂洗數次，每次10 min。
銀染后的凝膠可以通過凝膠成像系統或掃描儀轉化為照片，或者可以直接用手機拍攝。
在銀染實驗中，純水（去離子水）水質非常重要，對實驗成功與否起著關鍵性的作用。有用戶在實驗中忽略了這一點，純水水質不佳，氯離子含量超標，浸泡時出現氯化銀沉淀，覆蓋在膠上，顯影時看到的是一片花花的亂象，影響染色效果。
通常情況下，氯化銀的溶解度通常是2 ppm。氯離子是水中常見的一種離子雜質，如果水中的氯離子超過2 ppm，即會產生沉淀雜質，也就是說，銀染實驗，對于純水水質的要求是比較苛刻的，一般的反滲透純水（RO）設備，對離子污染物的去除能力有限，還難以達到要求。
另外，水中的顆粒物也會吸附銀離子后顯色，污染背景，甚至讓好好的凝膠成了“大花臉”。因此制備出來的純水在使用前，還應該通過0.22或0.45μm的過濾器預先過濾，以去除水中的顆粒物。
專業來講，銀染用水應該盡量選用符合國標《分析實驗室用水規格和試驗方法》（GB/T 6682-2008）（參考鏈接 http://rephile.com.cn/web/news-1686465.html）二級純水以上的水——電導率至少應當在 1 μS/cm以下。因此，銀染用水應當使用EDI純水或者超純水，而RO 純水是不能滿足銀染用水需求。