鏈霉素與雙氫鏈霉素均可和血清蛋白質結合形成全抗原，但所產生的抗體不同，因此無交叉反應，對鏈霉素過敏者可用雙氫鏈霉素。然而有對二者均過敏史，頗須注意。過敏反應包括：皮疹（0.3%～11%），可表現為斑丘疹、蕁麻疹、紅斑、麻疹樣皮疹、猩紅熱樣皮疹、天皰瘡樣皮疹、濕疹樣皮疹、紫癜及血管神經性水腫等皮膚表現。嚴重者可發生過敏性休克，嚴重過敏者反應還可并發急性溶血性貧血、血紅蛋白尿、休克、急性腎功能衰竭等。
該品可引起過敏反應，以皮疹、發熱、嗜酸粒細胞增多較為多見。皮疹的發生率自0.3%～10%（平均5%）不等，多在開始治療后7～9天發生，但以往曾接受鏈霉素治療的患者可在數小時內迅速出現。最多見者為斑丘疹，伴有癢感，一般持續5～10日后消退；少數可發展為剝脫性皮炎，停藥后則于1～3日內迅速消退。較少見的皮疹有蕁麻疹、紅斑、麻疹樣皮疹、猩紅熱樣皮疹、天皰瘡樣皮疹、濕疹樣皮疹等，亦可伴血管神經性水腫或紫癜。經常與鏈霉素接觸的醫務工作者，藥廠分裝工人，以及外用該品者常可發生接觸性皮炎，一般于接觸后3～12個月發生；皮疹多出現于兩手、手背、眼瞼、頸部等處，表現為皮膚發紅、搔癢、丘疹、眼皮腫、眼瞼濕疹等，停止接觸后即可消退。故該品局部應用已無人問津。該品也可導致過敏性休克，部份患者可能在特異性體質基礎上發生類似癥狀。患者用藥劑量往往不大，大多于注射后1～2分鐘出現突然發作的呼吸困難，面色蒼白，青紫、昏迷、抽搐、口吐白沫、大小便失禁等。患有呼吸道感染的兒童較多見。該品所引起的過敏性休克，其發生率雖較青霉素所致者為低，但見諸國內報告者已不下百例，因休克而死亡者亦不在少數，已引起人們高度警惕。神經系統：鏈霉素初期的制劑不純，常引起頭痛、麻木、頭暈、耳鳴、嘔吐和周圍血管擴張而有皮膚發紅、血壓急劇下降等。精制的鏈霉素仍可引起頭痛、頭暈、麻木等反應，但發生率顯然較低。臨床上應用鏈霉素時毒性反應的發生與每日劑量和療程有關，耳毒性反應和每日劑量成正比，劑量高于1g/日者，耳毒性反應發生率即見增高；每日總量1g，總量在5～30g的范圍內即可出現前庭損害。最常見而嚴重的毒性反應是對第8對腦神經的損害。其引致的耳中毒占感覺神經性聾的14.8%；兒童或老年患者、腎臟功能損害者、血藥濃度持續在25μg/mL以上者及中耳炎患者較易發生耳毒性癥狀。前庭障礙的主要癥狀眩暈、急驟動作可引致惡心、嘔吐，嚴重患者的每一動作停止后仍有繼續不斷進行的感覺。鏈霉素主要引起前庭系的前庭神經節病變，此外，內耳末梢器官前庭的壺腹嵴、位覺斑的感覺上皮細胞也有不同程度的病變。耳蝸系損害一般發生較遲，常在用藥數月后或停藥后發生。高頻聽力常先受累，其損害程度也較嚴重。耳蝸損害的主要癥狀為耳鳴與耳聾，持續耳鳴、耳部飽滿感有時為聽力減退的先兆癥狀，如立即停藥，耳聾可望防止。有的報道有家族性易感體質者應用小量鏈霉素即可造成明顯聽力損害；某些特別敏感者用藥量僅0.2～0.3g即可產生聽力減退。此種家族性鏈霉素耳中毒只通過母系遺傳，且與慶大霉素、新霉素、卡那霉素等其他氨基糖甙類無交叉易感性。因此，在親屬或家庭成員中曾應用鏈霉素而發生聽力減退者，用鏈霉素應特別審慎。鏈霉素對內耳的毒性反應大多在一定時期（1～6月）后才出現，給藥期間很少發現，故不易引起人們的注意。胸腔或腹腔內大量應用鏈霉素時，可因神經肌肉阻滯作用而發生呼吸衰竭和心跳停止，但少見。周圍神經炎少見，偶可引起視神經炎和視力減退。