大部分(超過500種)鏈霉菌是非致病的污染菌或定植菌。但索馬里鏈霉菌例外，該菌可引起足菌腫病，偶爾引起侵襲性感染。其他菌種很少引起疾病。灰色鏈霉菌(也稱圓環鏈霉菌)是從人體標本中最常分離的菌種，但認為其是偶爾引起感染的病原菌；更為人熟知的，它是鏈霉素的原始來源。分離菌株通常只鑒定到屬水平(如果要鑒定到種，需要借助分子生物學檢測方法)；欲提高鑒定率還需要更多的研究。
