RNA標記是將標記物（如放射性同位素、熒光素或酶）共價地連接到RNA，通過檢測標記物，進而實現對RNA鑒別和檢測的目的。RNA標記在分子探針領域應用廣泛，在疾病診斷方面也很有前景。
理想的RNA標記方法應符合以下要求：
1. 操作簡單，靈敏度高
2. 不影響堿基配對的特異性
3. 不影響RNA活性
4. 對酶促反應活性無影響或影響不大
5. 檢測方法具有高度靈敏性和高度特異性
6. 標記物對人體無害
RNA標記方法：
按反應機制分如下四類：直接標記法，加尾標記法，基于逆轉錄反應的標記方法，基于RNA克隆擴增的標記方法。
常用于RNA標記的方法按標記物性質分為：
放射性同位素標記：32P、35S、3H
非放射性標記：半抗原熒光素化學發光物質
生物素
用生物素標記RNA的方法常見的是用生物素與UTP結合形成Biotin-UTP，以Biotin-UTPATP、CTP、GTP為底物通過RNA聚合酶SP6、T7等經體外轉錄合成標記RNA。
熒光素
目前常見的熒光染料包括：異硫氰酸熒光素（FITC）四甲基異硫氰酸羅丹明四乙基羅丹明得克薩斯紅藻紅蛋白（PE）花青類染料(Cy3、Cy5)新型熒光素如量子點（半導體納米晶體）。
點擊化學
點擊化學（Clickchemistry）是2001年諾貝爾化學獎獲得者美國化學家Sharpless提出的一種快速合成大量化合物的新方法。該技術在諸多領域尤其是生物偶聯技術和生物醫藥方面有廣泛應用前景。