間質性肺炎大多由于病毒所致，主要為腺病毒、呼吸道合胞病毒，流感病毒、副流感病毒、麻疹病毒等。其中以腺病毒和流感病毒引起的間質性肺炎較多見，也較嚴重，常形成壞死性支氣管炎及支氣管肺炎，病程遷延易演變為慢性肺炎。
肺炎鏈球菌肺炎，金黃色葡萄球菌肺炎的并發癥，化膿性炎癥擴展到間質組織，引起化膿性間質性肺炎。若炎癥繼續發展可發生肺膿腫、膿胸等；若病變停止發展，則轉向恢復痊愈，但也可形成慢性間質性肺炎。
肺炎支原體也能引起間質性肺炎。支原體經呼吸道侵入后，主要侵犯細支氣管和支氣管周圍組織，由于無破壞性病變，故能完全恢復。
另外，由于吸入含有真菌孢子、細菌產物、動物蛋白質或有機物塵埃所引起的非哮喘性變應性肺疾患如過敏性肺炎，以彌漫性肺間質炎為病理特征，能痊愈，不留后遺癥。