臨床表現多種多樣。可表現為皮膚、軟組織、呼吸道、泌尿道、中樞神經系統、胃腸道和其他的器官的感染。
1.敗血癥
多發生在老年患者或新生兒中，有時伴有其他細菌混合感染。在成人和兒童中常伴發熱，并多有寒戰。患者熱型不一，可為稽留熱、間歇熱、弛張熱等。可伴低血壓或休克。患者多表現為白細胞計數增多，也有少部分患者表現為白細胞數減少。偶爾報道有血小板減少癥、出血、黃疸、彌散性血管內凝血。大多同時有皮膚癥狀，如紫癜、出血性水皰、膿皰瘡等。
2.下呼吸道感染
患者一般有嚴重基礎疾病，尤以慢性阻塞性肺病及支氣管肺癌多見。感染者常使用過抗生素，或常在有各種因素所致的免疫功能低下的情況下發病：如免疫抑制劑、激素應用、化療、放療等。誘發因素：以氣管插管呼吸機輔助呼吸最多，其他有氣管切開、胸腔穿刺、動靜脈插管、導尿、全身麻醉等。可有發熱甚至高熱，多有咳痰，痰液，可為白色、膿性或帶血絲。但在老年患者中，癥狀較少甚至無癥狀。可有呼吸急促，心動過速。感染可以表現為支氣管炎、肺炎、肺膿腫、胸腔積液。休克和轉移性病灶少見。
3.傷口感染
常見于燒傷創口、手術切口的感染。隨著各種手術的開展，幾乎各處都可有該菌感染，尤以胸骨縱隔和脊柱后方相對多見。
4.軟組織感染
為社區中感染的常見形式，如指甲下血腫、摔傷后軟組織感染。
5.心內膜炎
危險度最高的是靜脈藥癮者、人工瓣膜術后、心臟手術后患者。
6.腹部感染
由于該菌的遷徙或腸道穿孔到達腹膜或其他臟器而發病。目前胃腸源性的感染中，該菌逐漸受重視，尤其在肝移植相關性感染者中更為多見。其他如肝的氣性壞疽，急性氣腫性膽囊炎和逆行胰膽管造影術后的敗血癥，膽石淤積所致間歇梗阻的急性化膿性膽管炎，不伴腹水或穿孔的繼發于小腸梗阻后的腹膜炎等。
7.泌尿道感染
從無癥狀性細菌尿到腎盂腎炎均可出現。
8.中樞神經系統感染
陰溝腸桿菌可引起腦膜炎、腦室炎、腦膿腫等。
9.眼部感染
眼部手術是常見誘因，白內障手術多在老年患者中進行，因而成為此類感染的常見原因。