1、感染：PNH患者容易遭受各種感染，特別是呼吸道和泌尿道感染，感染又可誘發血紅蛋白尿發作。在我國，嚴重的感染往往是PNH患者死亡的主要原因。
2、血栓形成：不同部位的血栓形成在歐美的PNH病例中占23%～50%，是這些地區PNH患者的主要死亡原因。而在我國血栓形成合并癥遠比歐美為少。
3、膽石癥：PNH作為長期溶血病合并膽石癥者并不像想像的那么多。據國內報道不過4%，可能由于無癥狀，實際病例會更多些。
4、腎功能衰竭：PNH患者腎內有含鐵血黃素沉著，但臨床上發生腎功能損傷者并不多見。小部分病例有輕度蛋白尿和(或)血中尿素氮增高。有人認為若長期仔細觀察可發現本病患者的腎功能逐漸減低。感染或嚴重的溶血可引起急性腎功能衰竭，但經處理往往可以恢復。近年用磁共振影像分析發現，大多數PNH患者的腎皮質信號強度減弱，提示有含鐵血黃素沉著，為長期血管內溶血的結果，自身免疫溶血性貧血的患者則無。
5、其他：長期貧血可發生貧血性心臟病，嚴重者可致心力衰竭。個別患者有致死的嚴重出血如腦出血、消化道出血。此外，因長期應用腎上腺皮質激素發生繼發性糖尿病者也不少見。