大多數限制性內切酶常常伴隨有1~2種修飾酶（DNA甲基化酶），后者能保護細胞自身的DNA不被限制性內切酶破壞。修飾酶識別的位點與相應的限制性內切酶相同，它們的作用是甲基化每條鏈中的一個堿基，而不是切開DNA鏈。甲基化所形成的甲基基團能伸入到限制性內切酶識別位點的雙螺旋大溝中，阻礙限制性內切酶發揮作用。這樣，限制性內切酶和它的“搭檔”修飾酶一起組成R-M系統。
在某些R-M系統中，限制性內切酶和修飾酶是兩種不同的蛋白，它們各自獨立行使自己的功能；另一些R-M系統本身就是一種大的限制-修飾復合酶，由不同亞基或同一種亞基的不同結構域來分別執行限制或修飾的功能。