限制酶切割雙鏈DNA的方式有兩種，產生的末端也有兩種：
第一種是交錯切割，即兩條鏈的切點不在同一水平而是相隔數個堿基，故斷口產生兩小段自身互補的單鏈，這種末端容易互補連接，稱為粘性末端（cohesive terminus）；
第二種為平整切割。
