隱孢子蟲病的免疫學診斷具有彌補糞檢不足的優點。
（1）糞便標本的免疫診斷：均需采用與卵囊具高親和力的單克隆抗體。在IFAT的檢測中卵囊在熒光顯微鏡下呈明亮黃綠色熒光，特異性高、敏感性好。適用于對輕度感染者的診斷和流行病學調查。采用ELISA技術檢測糞便中的卵囊抗原，敏感性、特異性均好，勿需顯微鏡。流式細胞計數法可用于卵囊計數，考核療效。
（2）血清標本的免疫診斷：常采用IFAT、ELISA和酶聯免疫印跡試驗（ELIB），特異性、敏感性均較高，可用于隱孢子蟲病的輔助診斷和流行病學調查。
