人的臨床癥狀
人隱孢子蟲病的病情與宿主免疫功能有關。免疫功能正常時，主要表現為急性胃腸熒癥狀排帶黏液的水樣便，有的伴有明顯腹痛，此外，尚有惡心、嘔吐、低熱及厭食。水瀉1周即可恢復。當免疫功能抑制時，則表現為慢性腹瀉，水瀉難以控制，病程可長達數月，并伴有嘔吐、上腹痙攣、體重減輕等。兒童患者還表現為生長遲緩和發育不良，此類患者從類便持續排出大量卵囊，部分患者可表現為膽囊炎，出現上腹部疼痛、惡心、嘔吐，同時伴有嚴重腸炎。值得注意的是，隱孢子蟲是艾滋病病人合并腸道感染的常見病原體，感染后常常危及患者生命。
動物發病表現
各種動物，尤其是新生或幼齡動物，對隱孢子蟲呈高度易感性，但并非所有感染都引起急性發病。正常機體，常呈自限性或亞臨床感染或無癥狀感染，但在免疫功能低下或受損患者，其可迅速繁殖，使病情惡化，成為死因。犢牛感染時呈暴發式流行，表現為一種輕度至重度的腹瀉，嚴重時厭食，脫水，死亡。綿羊羔發病常在7~10日齡，甚至4~5日齡的小綿羊羔，病程7d，康復后的蓋羊常復發，病情嚴重者則在發病后2~3d后死亡.發病率為37%~83%，死亡率為2%~40%。禽類主要是雞、鴨，表現癥狀為精神沉郁、張口呼吸，伸頸、胸腹起伏明顯，氣喘、咳嗽、腹瀉、重者飲食欲廢絕，發病后2~3d內死亡。