隱球菌屬包括17個種和18個變種，其中僅新生隱球菌及其變種具有致病性。新生隱球菌幾乎全部經肺入侵而感染人體，90%病損僅局限于肺部，10%可經血行傳播擴散至其他器官。中樞神經系統及皮膚是最常見的繼發感染的部位，該菌易侵犯中樞神經系統可能與腦脊液中存在的天門冬素及肌酐有助于菌生長有關。本病傳播途徑尚未闡明，當機體免疫力下降時，病原菌可直接侵入并引起血行傳播，故長期使用免疫抑制劑或糖皮質激素的患者、艾滋病、白血病等患者易患本病。
