在各種標本中如能找到新生隱球菌，則對診斷有決定意義。
⒈ 直接鏡檢：取腦脊液標本少許置玻片上，加一滴墨汁混勻后，加蓋玻片。一般新生隱球菌在鏡下即可見圓形或橢圓形的雙層厚壁孢子，外有一層寬闊莢膜，邊緣清楚完整，菌體內可見單個出芽；若為新生隱球菌上海變種，則菌體呈棒形、針形、梭形、瓢形、圓球形及出芽現象。如腦脊液直接制片未發現菌體，可離心沉淀（3000 r/min， 10 min）后重復檢查。
⒉ 菌體計數：腦脊液菌體計數是判斷預后及療效的重要指標。
染液配制：黑色墨水8 ml，甘油2 ml，蒸餾水2 ml，混合搖勻，密封保存備用。
操作方法：將腦脊液標本搖勻，用吸管吸取一定量置于小試管中，另加進等量的染液，混勻。用血細胞計數板計數，在低倍鏡下觀察。按白細胞計數法，將兩個計數板四角的4個大方格及中央大方格（共10個大方格）中的菌數相加，再乘以2，即為每立方毫米腦脊液內的隱球菌數。
⒊ 培養：培養基內可加氯霉素，但不可加放線菌酮，因后者抑制本菌生長。取各種標本同時接種于葡萄糖蛋白胨斜面培養基上，置28～37℃孵育2～4 d開始生長。若不生長，可將培養管適當振蕩，便標本與培養基充分接觸再進行培養，少數病例的標本在2～3周內生長。