將父、母本按一定行比種植在隔離區內，并將母本雄穗全部拔去，使其自由授粉，這種人工雜交方式，稱為隔離雜交。
選擇自交系
用來雜交的兩個自交系，應該是經過測交，證實其第一子代的雜種優勢明顯，屬于優良雜交組合。玉米自交系可向當地生產部門購買。
播種
父、母本在一塊地里按2行母本1行父本的行比相間種植，其四周至少500米以內不種與父本不同的品種。形成隔離區。播種時應將親本之一提前或延遲播種，以使父、母本花期相遇。這是隔離雜交法的成敗的關鍵。
母本去雄
在母本雄穗抽出期間，每天早晨沿母本行仔細檢查，發現有雄穗抽出時，立即拔除。拔除時應握住雄穗向上拔，并注意不能損傷莖稈和頂葉。去雄一定要徹底。同時，如果父本行中發現有其它品種植株，也應將其雄穗拔去。全部去雄時間，前后約需10～15天。每次拔下的雄穗，一定要帶出隔離區以外，以防止花粉飛散而發生混雜。
授粉
去雄以后，任其父、母本之間進行自由授粉。為了提高結實率，可同時進行人工輔助授粉。特別在父、母本花期不協調，或因氣候反常而造成花粉不足時，進行人工輔助授粉，增產效果就更為顯著。關于父本果穗，要在母本果穗收獲后再進行收獲，以防二者混雜。