已知西羅莫司是細胞色素CYP3A4和P－糖蛋白的作用底物，西羅莫司與部分藥物同時服用時其藥代動力學相互作用如下。與其他藥物的相互作用未進行研究。
改進型環孢素膠囊（如 Neoral軟明膠膠囊）：在單劑量藥物-藥物相互作用試驗中， 24例健康志愿者同時或在服用環孢素(Neoral)300mg4小時后，服用西羅莫司10mg。在同時服用時，西羅莫司的平均Cmax和AUC，分別比單獨服用西羅莫司上升了116%和230%，但在服用環孢素4小時后服用，西羅莫司的Cmax和AUC比單獨服用西羅莫司分別上升了37%和80%。
當同時或服用環孢素4小時后，服用西羅莫司的平均Cmax和AUC未受明顯影響。但患者在腎移植后6個月內，多劑量服用西羅莫司(服用環孢素后4小時)，環孢素的口服藥物清除率下降，需較小環孢素(Neoral)的劑量便足以維持環孢素的目標濃度。
基于環孢素膠囊（改進型）（如：Neoral軟明膠膠囊）的影響，建議應在服用環孢素口服溶液(改進型)（如：Neoral口服溶液，SangCya口服溶液）和/或環孢素膠囊（改進型）（如： Neoral 軟明膠膠囊）后4小時，服用西羅莫司(見用量與用法)。
環孢素口服溶液，USP（如Sandimmune口服溶液）：在一項多劑量試驗(150例牛皮癬患者)中，西羅莫司按0.5，1.5和3.0mg/m2/d服用，同時服用Sandimmune口服溶液(環孢素口服溶液，USP)1.25mg/kg/d，西羅莫司的平均谷濃度比單用西羅莫司增加67%-86%。西羅莫司谷濃度的個體間差異(變異系數CV%)為39.7%-68.7%，多劑量西羅莫司對Sandimmune（環孢素口服溶液，USP)的谷濃度無明顯影響，但CV% (85.9%-165%)高于以前試驗的值。
Sandimmune(環孢素口服溶液，USP)與Neoral膠囊(環孢素膠囊)改進型為非生物等效，因而不能交換使用。
地爾硫卓： 18例健康志愿者同時口服西羅莫司口服溶液10mg和地爾硫卓120mg，明顯影響西羅莫司的生物利用度：西羅莫司的Cmax，tmax和AUC分別增加1.4，1.3和1.6倍。西羅莫司不影響地爾硫卓，或其衍生物去乙酰地爾硫卓和去甲基地爾硫卓的藥代動力學。如服用地爾硫卓，則應監測西羅莫司，必要時應調整劑量。
酮康唑：多劑量服用酮康唑顯著影響西羅莫司的吸收速率和程度、以及西羅莫司的吸收總量，反映在西羅莫司的Cmax，tmax和AUC分別增長了4.3倍，38%和10.9倍。然而西羅莫司的終末t1/2無變化。單劑量西羅莫司不影響酮康唑穩態12小時的血漿濃度，故建議西羅莫司不應與酮康唑同時服用。
利福平：14例健康志愿者，多劑量服用利福平600mg/d，連續14日，接著單劑量服用西羅莫司20mg，西羅莫司的口服清除率大幅上升了5.5倍(范圍在2.8 -10)，表明平均AUC和Cmax分別下降約82%和71%。服用利福平的患者，應考慮改用酶誘導作用較小的治療藥物。
不需調整劑量即可同時服用的藥物
下列藥物，在試驗中未見有臨床意義的藥代動力學的藥物-藥物相互作用。西羅莫司可與這些藥物同時使用，且無需調整劑量。
阿昔洛韋：20例健康志愿者，服用阿昔洛韋200mg，一日一次，連續3日，接著單劑量服用西羅莫司口服溶液10 mg。
地高辛：24例健康志愿者，服用地高辛0.25mg，一日一次，連續8日，第8日服用單劑量西羅莫司口服溶液10 mg。
格列本脲： 24例健康志愿者，單劑量服用格列本脲5mg和西羅莫司口服溶液10mg，西羅莫司不影響格列本脲的降血糖作用。
硝苯啶：24例健康志愿者，單劑量服用硝苯啶60 mg和西羅莫司口服溶液 10 mg。
炔諾孕酮/炔雌醇 (Lo/Ovral)： 21例使用炔諾孕酮/炔雌醇的女性健康志愿者，每日服用西羅莫司口服溶液2 mg，連續7日。
潑尼松龍： 42例穩定的腎移植患者，每日服用潑尼松龍5-20mg，且同時服用單或多劑量西羅莫司口服溶液0.5-5 mg/m2，每12小時一次。
磺胺甲基異惡唑/甲氧芐氨嘧啶 (Bactrim)：15例腎移植患者，單劑量服用磺胺甲基異惡唑（400mg）/甲氧芐氨嘧啶 (80mg)，同時每日口服西羅莫司8 -25mg/m2。
其它藥物相互作用
西羅莫司在腸壁和肝中被CYP3A4同功酶廣泛代謝，因而西羅莫司的吸收和全身吸收后的消除，可受到作用于此同功酶的藥物的影響。CYP3A4的抑制劑可使西羅莫司的代謝減慢，西羅莫司的血液水平上升。而CYP3A4的誘導劑則使西羅莫司的代謝加快，血液水平下降。在一些病例中，有必要調整和監測西羅莫司的劑量。西羅莫司與CYP3A4的強抑制劑和誘導劑同時服用應特別小心。
可升高西羅莫司的血藥濃度的藥物包括：
鈣通道阻滯劑：尼卡地平，維拉帕米，地爾硫卓
抗真菌藥：克霉唑，氟康唑，伊曲康唑，酮康唑
大環內酯抗生素：克拉霉素，紅霉素，三乙酰桃霉素
胃腸道動力調節藥：西沙必利，甲氧氯復胺
其它藥物：溴隱亭，西咪替丁，達那唑（炔睪醇），HIV-蛋白酶抑制劑(如：利托那韋，茚地那韋)
西柚汁
可降低西羅莫司水平的藥物：
抗驚厥藥：卡馬西平，苯巴比妥，苯妥英
抗生素：利福布汀，利福噴丁，利福平
草藥制劑：St. John’s Wort(金絲桃屬 perforatum，金絲桃素)
此表并不包括全部。
通過CYP3A4代謝的藥物與雷帕鳴(Rapamune)同時服用時應格外小心。西柚汁可減緩 CYP3A4調節的雷帕鳴 (Rapamune)的代謝，故不可用以稀釋（參見用量與用法）
疫苗：免疫抑制劑可能影響疫苗接種的反應。因而在雷帕鳴(Rapamune)治療期間，疫苗的效應可能減小。應避免使用活疫苗，活疫苗包括(>但不限于)麻疹、流行性腮腺炎、風疹、口服脊髓灰質炎、卡介苗、黃熱病、霍亂和TY21a傷寒。
P－糖蛋白底物：西羅莫司是小腸中的P－糖蛋白(多種藥物排出泵)的一種底物，因此西羅莫司的吸收和消除可能會被那些影響P－糖蛋白的藥物所影響。
實驗室檢查：在下列患者中，應密切監測血液西羅莫司水平：可能改變藥物代謝者，體重不超過40kg而年齡不小于13歲者和肝功能損傷者，以及同時服用有效的CYP3A4的誘導劑和抑制劑者(見注意事項：藥物相互作用)。