為保證治療效果，對引起某感染的任何病原菌，若不能從該菌的種屬特征可靠的推知其對抗菌藥物的敏感性，就需要進行藥敏試驗。尤其當病原菌是屬于對常用抗微生物藥物能產生耐藥的菌種時，更需要進行藥敏試驗。
細菌的耐藥機制包括產生藥物滅活酶、改變藥物的作用靶位、改變藥物的攝取和主動外排等。有些細菌對抗菌藥物的敏感性可以預知，因而經驗性治療被廣泛認可。若感染是由工人的對某一高效藥物敏感的微生物引起，就很少需要進行藥敏試驗，如A群和B群鏈球菌感染不需要常規做青霉素、其他β-內酰胺類及萬古霉素的敏感性試驗。但是，當鏈球菌感染來自對青霉素過敏的病人，就需檢測這些菌株對紅霉素或其他大環內酯類的耐藥性。同樣，對分離自尿標本的腐生葡萄球菌也不推薦進行常規藥敏試驗，因為通常用于治療急性、不復雜尿道感染的抗菌藥物（如呋喃妥因、甲氧芐啶±磺胺甲?唑或氟喹諾酮）在尿液中的濃度對此菌是有效的。此外，藥敏試驗資料在細菌耐藥性的流行病學調查和新的抗微生物藥物的研制中也很重要。
在對每一種可能致病的細菌進行藥敏試驗時，使用的單個菌落都應選自原始的瓊脂平板，鑒定種屬的過程常與此同時進行。不同菌種的混合物不能在同與藥敏平皿上進行試驗。除非臨床急診病人的標本經涂片革蘭染色提示單一病原菌外，一般應避免用臨床標本（通常為無菌體液和尿液）直接去做藥敏試驗。若藥敏試驗直接用了臨床標本，必須按||標準方法重做第二次。當感染的性質不清楚、標本內含數種混合生長的細菌或正常菌群，而且這些細菌與感染的關系很小時，通常不必做藥敏試驗，因其試驗結果可能會誤導臨床治療。
病人的臨床反應是判斷體外藥敏試驗是否正確的最終標準。同一病人連續分離培養出同一種菌，若最初藥敏試驗顯示為敏感株，隨后臨床出現可以的耐藥反應，則是需重復進行藥敏試驗的有力指征。如缺少臨床表現，由于病人所在的醫院不同，接受的治療不同，標本的類型不同等，對間隔多長時間需重復進行藥敏試驗無法確定一個共同的標準，需要實驗室人員與臨床醫生商討決定。尤其是對一些耐藥性容易改變的菌種應特別注意本文來自，歡迎訪問，如用第三代頭孢菌素治療腸桿菌屬、枸櫞酸菌屬和沙雷菌屬所致感染，用喹諾酮類治療葡萄球菌屬所致感染，用各種抗生素治療銅綠假單胞菌所致感染過程中，都可能發生耐藥。
藥敏試驗中的注意點：臨床分離到大腸埃希菌和克雷伯菌屬的細菌，均應檢測是否產生ESBLs，如確診為產ESBLs菌株，不管體外藥敏試驗的結果如何，對所有青霉素類、頭孢菌素和氨曲南均應報告耐藥。在MRSA檢測中，MRSA必須報告對所有頭孢菌素類和其他β-內酰胺類抗生素均耐藥，并提示對氨基糖苷類、大環內酯類、克林霉素和四環素等抗生素多重耐藥。