全身癥狀：患者可能會突然發病，伴有高熱、頭痛、腹痛和肌肉痛。此外，患者可能還會有惡心和嘔吐，但通常不會出現咳嗽、流涕或結膜炎等典型麻疹癥狀。
皮膚損害：發病2至3天后，皮疹可能會出現，起初可能為紅斑、斑丘疹及風團樣疹，隨后可能出現水皰、瘀點或紫癜樣皮疹。皮疹初見于掌跖和腕踝部，之后可能擴展到軀干和四肢。部分患者可能會有掌跖水腫，口腔腭部可見瘀點，但無Kopliks斑和楊梅舌。在以往的接種部位，皮疹可能更加明顯。
其他并發癥：非典型麻疹綜合征可能并發肺炎、胸腔積液、肺部淋巴結腫大，以及腦炎和心肌炎等更嚴重的健康問題。