本病目前尚無特效治療，可采取降低小腸擴張，使用抗生素，恢復胃腸正常蠕動功能和全胃腸外營養等綜合治療。
（1）飲食療法 要求低脂肪、低乳糖和低纖維素飲食。脂肪不超過40g，且最好為長鏈脂肪，乳糖不超過0.5g/100cal，纖維不超過1.5g/100cal。因為患者的癥狀和體征與小腸擴張程度密切相關，而小腸擴張程度與所進食物容量和類型有關，吸收不良的脂肪可被小腸內的細菌分解為脂肪酸，它刺激小腸液大量分泌，使小腸擴張。本病常伴有不同程度的小腸黏膜損傷，使乳糖的分解代謝受影響，從而使腸腔產氣和液體分泌增多，加重小腸擴張。此外蠕動功能紊亂的腸袢內長期食物積聚，尤其是纖維素多的食物可形成糞石，可在假性腸梗阻的基礎上產生機械性腸梗阻，要適量補充維生素B12、維生素D、維生素K和微量元素等，急性發作時應禁食，持續胃腸減壓。
（2）抗生素治療 小腸內細菌過度繁殖可引起脂肪吸收不良，發生脂肪瀉，用抗生素治療可減輕癥狀，抗生素的選擇最好是根據小腸液培養的結果而定。
（3）藥物治療 目的在于刺激小腸收縮，恢復正常小腸的蠕動功能。西沙比利是一種新的非膽堿能刺激劑，它選擇性作用于胃腸道，使其肌間神經叢釋放乙酰膽堿，從而增加肌肉的收縮活動，而且避免了全身副作用，臨床應用效果較好。紅霉素具有胃動素樣作用，可有效促進胃腸蠕動，治療假性小腸梗阻有一定療效。
（4）全胃腸外營養（TPN） 由于本病均有不同程度的吸收障礙，營養不良，加之飲食和藥物治療效果不佳，外科手術也只對一部分患者有效。因此大部分患者需要TPN治療，尤其是重癥患者，長期TPN治療是維持生命的惟一方法。