NGU的實驗室檢查主要是指沙眼衣原體和解脈支原體的病原學和血清學檢查。
直接免疫熒光法
1.直接免疫熒光法是將特異的衣原體單克隆抗體用熒光素標記后來檢查標本中衣原體，如標本中有衣原體抗原（包涵體或原體），則和抗體結合，在熒光顯微鏡下可見蘋果綠色的熒光。一張涂片中衣原體原體數在10個以上時，結果判斷為陽性。本試驗的敏感性和特異性可分別達到80％^-95％。
酶免疫測定法
2.酶免疫測定法檢測患者泌尿生殖道標本中的衣原體抗原，判斷結果比較客觀。本試驗的敏感性為60％一90％，特異性為92％一97％。
3.衣原體培養衣原體是專性細胞內寄生物，只有在活細胞中才能生長和增殖。目前實驗室常用的細胞為McCoy細胞及Heh229細胞。所取標本中必須含有活細胞。因此，取材的棉拭子一定要插在柱狀上皮部位，旋轉且放置20s,以便拭子吸附更多的細胞。細胞培養是診斷和鑒定沙眼衣原體的金標準方法，敏感性和特異性均高。但需一定的條件，且操作比較復雜、較費時。
解脈支原體的分離
4.解脈支原體的分離培養解脈支原體可以在含有尿素的人工培養基中生長，分解尿素產生氨，使培養基變為堿性，培養基中的指示劑由黃變紅。因此，如將標本接種于液體培養基中，液體培養基由黃變紅，液體仍澄清時，則可能有支原體生長。此時吸出培養物少許，經稀釋后接種于固體或半固體培養基中，經3-5天培養。檢查時，先用Di-errs染液染色，再用低倍鏡觀察，如見到呈“油煎蛋”樣集落，則標本為陽性。
5.多聚酶鏈反應（PCR）與連接酶鏈反應（LCR）由于其敏感性及特異性均高，因此不但可用尿道或宮頸拭子取標本做檢查