自20世紀60年代中期以來，衣原體感染患者例數不斷增加，據世界衛生組織估計，全世界每年新發生可以治愈的性病病例2.5億例，其中衣原體感染6 700萬例，另據WHO西太區辦公室資料，1993-1996年性病低危人群中衣原體感染率為5. 6％（菲律賓）和2.5％（越南），而在高危人群（妓女、暗娼）中，感染率可達17.3％（菲律賓）。在英格蘭和威爾士，1960-1986年上報的NGU病例已從2.2萬上升到11萬例。
在美國，衣原體感染的發病率已從1987年的91.4/10萬上升到1991年的197.5/10萬。在我國，NGU的發病率也呈逐年上升趨勢，根據26個性病監測點資料，1993年NGU的報道例數為1 404例，發病率為4/10萬，占性病的第三位；1998年NGU的報道例數為121 564例，發病率為9.74/10萬，5年間發病率翻了一番，但仍居性病的第三位；2000年NGU的報道例數為241 016例，發病率為19.33/10萬，兩年間NGU的發病率接近翻了一番，所居性病位置越過尖銳濕疣居第二位。女性患者多于男性患者。據美國1987^-1991年對35個州的統計，衣原體感染病例中女性與男性之比為5. 9：3. 3。1991年女性人群發病率為281.2/10萬，而男性為47.7/10萬。
其產生原因可能是對無癥狀女性進行了有效篩查而感染女性的男性性伴侶則未得到診斷、治療和報道。在我國，從報道的病例數看似乎男性多于女性。此外，衣原體感染還和多性伴、既往的淋球菌感染史有關。應該指出，由于檢查方法和疫情報告制度所限，NGU的發病率還不可能十分準確，如能提供簡便的診斷方法，估計發病人數還可能增多，而更靠近實際發病人數。