(1)臨床標準：
①臨床癥狀、體征：常見咳嗽、疲乏，病情較重者有發熱，體重減輕，咯血和氣促，有基礎病者臨床癥狀惡化。
②排除其他疾病：如結核，腫瘤，組織胞漿菌病。
(2)X線標準：
①浸潤性病灶，伴有或不伴有結節性病灶(持續≥2個月，或有進展)；空洞性病變；單個或多個結節。
②HRCT示多個小結節或多灶性支氣管擴張有或不伴有肺部小結節。
(3)細菌學標準：
①1年內至少有3份痰或支氣管灌洗標本，其中3次培養陽性，而AFB涂片陰性，或2次培養陽性，1次AFB涂片陽性。
②若僅得到1份支氣管灌洗標本，未能得到痰標本，培養陽性，同時涂片陽性達 。
③若痰或支氣管灌洗液標本提示未能確診或未排除其他疾病，經支氣管活檢或肺活檢做細菌培養及組織病理學檢查得到陽性結果。
HIV血清實驗陰性患者發病的危險因素包括：局部免疫抑制，如酒精中毒，支氣管擴張，發紺性心臟病，囊性纖維化，肺纖維化，吸煙及慢性阻塞性肺病。全身嚴重免疫抑制，如白血病，淋巴瘤，器官移植和其他免疫抑制劑治療，HIV血清試驗陽性，CD4<200。