自然界的順反異構體中通常是反式比較穩定，而順式較不穩定。順反異構體的構型轉化是一個化學動態平衡過程。此過程一般可分為3種類型：光致異構化、熱致異構化和催化異構化。基態時反式異構體總是比順式穩定，所以后一類異構化過程的結果通常是反式異構體占多數，而光致異構化的結果往往相反 。
如將順式異構體加熱或受日光的作用，就容易轉變成較穩定的反式異構體。例如順-丁烯二酸加熱就可轉變成反-丁烯二酸。
而反式異構體轉變為順式異構體較困難，比較好的方法是用紫外光照射，如偶氮苯 和丁烯。在紫外光照射下反式異構體吸收能量轉變為順式異構體，產品中通常存在順式和反式混合物。
