預防措施包括避免嚙齒動物污染水資源。冷藏食品應加熱煮沸處理后才能食用。密切接觸病人者須勤洗手，避免與有病動物接觸。對肝硬化、免疫功能低下病人，感染此病機會增加，尤其一定要保證食品和水的衛生。提高人體免疫力，體質差、免疫功能低下者易發生小腸結腸炎耶爾森菌感染，故加強鍛煉、增強體質，有助于預防 本病。伴有其他慢性疾病者，感染小腸結腸炎耶爾森菌后病情加重，該類病人感染后應注重預防及治療并發癥。小腸結腸炎耶爾森菌主動免疫菌苗尚待研制。
