Sawamura等（1998）按各種顱內生殖細胞腫瘤的預后將顱內生殖細胞腫瘤分為3大類：①預后好的顱內生殖細胞腫瘤包括單發的純生殖細胞瘤和成熟畸胎瘤， Sano（1995）報道的生殖細胞瘤的5年生存率為95%，十年生存率為91%。；②預后中等的顱內生殖細胞腫瘤包括伴β－HCG升高的生殖細胞瘤、多發的生殖細胞瘤、未成熟畸胎瘤、含生殖細胞瘤及成熟畸胎瘤或未成熟畸胎瘤成分的混合性生殖細胞腫瘤；③預后差的顱內生殖細胞腫瘤包括畸胎瘤惡性變、胚胎癌、內胚竇瘤、絨毛膜上皮癌、或含有上述惡性成分的混合性生殖細胞腫瘤。Jaing等（2001）通過多因素分析認為：與預后關系最密切的是顱內生殖細胞腫瘤的病理類型，生殖細胞瘤的5年生存率為92.6%,而NG-GCTs的5年生存率則為47.3%，
生殖細胞腫瘤的預后差別較大。顱內生殖細胞腫瘤預后與病理性質關系很大，生殖細胞瘤和成熟畸胎瘤預后最好；單純生殖細胞瘤可以治愈，多數文獻報道5年生存率超過90%，十年生存率達80%以上。未成熟和惡性畸胎瘤以及伴STGC的生殖細胞瘤預后次之；胚胎癌、絨癌、卵黃囊瘤和混合性生殖細胞腫瘤惡性程度最高，預后最差。高度惡性的生殖細胞腫瘤的治療和預后各家報道差異較大，何為最佳治療方案仍有待進一步研究。這是今后需要深入探討的一個重要課題。
單純生殖細胞瘤在治療結束后，應每3-6月隨診一次，除常規檢測血常規，生化，內分泌外，AFP和β-HCG和CT/MRI掃描是必須的，5年后隨訪間隔可改為6-12月。對NG-MGCTs，檢測AFP和β-HCG對判斷腫瘤復發具有重要的意義，如果AFP和β-HCG再次升高則可預測腫瘤的復發，其敏感性早于MRI。