引起顱內靜脈竇或引流靜脈閉塞的病因多達上百種，其中有20%腦靜脈血栓的病因不明。
（一）按致病機制可將病因大致分為三類
1.各種因素導致血栓形成傾向（血栓前狀態/高凝狀態）
約占全部病因的70%，多見于妊娠產褥期、口服避孕藥、血液及全身系統疾病（如惡性腫瘤晚期）和某些原發性遺傳病。
2.血流紊亂
約占全部病因的5%，如嚴重脫水、心力衰竭和動靜脈瘺等。
3.炎性或感染性疾病
約占全部病因的5%，如硬腦膜、靜脈或靜脈竇壁的感染、滲出或纖維化等疾病。
（二）病因也可分為局部和全身病變兩大類
1.局部病變
（1）感染①硬膜外乳突炎、鼻竇炎、蜂窩組織炎、骨髓炎；②硬膜內急性細菌性和慢性肉芽腫性腦膜炎；③腦實質腦膿腫。
（2）外傷硬膜竇部骨折；
（3）腫瘤腦膜瘤、顱骨轉移瘤、癌性腦膜炎等引起硬腦膜竇梗阻；
（4）血管性疾病動脈梗塞、蛛網膜下腔出血、動靜脈畸形。
2.全身疾病
（1）口服避孕藥、妊娠、產褥熱；
（2）惡性腫瘤、腎病綜合征、膠原血管病、系統性紅斑狼瘡、抗磷脂抗體綜合征、高胱胺酸血癥、蛋白C和蛋白S缺乏癥、抗凝血酶Ⅲ缺乏癥；
（3）游走性血栓靜脈炎、血栓閉塞性脈管炎；
（4）感染性腸道疾病，如潰瘍性結腸炎；
（5）心血管疾病，如紫紺型心臟病、充血性心力衰竭；
（6）血源性疾病，如紅細胞增多癥、原發性血小板增多癥、白血病、淋巴瘤、鐮刀細胞病、陣發性睡眠性血紅蛋白尿、冷沉淀纖維蛋白原血癥、纖維蛋白酶原缺乏、彌散性血管內凝血；
（7）特發性疾病，如Wegener肉芽腫、白塞病（貝赫切特綜合征）和結節病。