1、顱咽管瘤手術按入路分為：
顯微經顱入路；
內鏡經鼻入路。
顱咽管瘤的生長位置可以位于鞍內、鞍內-鞍上、鞍上和三腦室為主。根據腫瘤與下丘腦的關系可以分為三級：
1）0級腫瘤主要位于鞍隔下，未侵犯下丘腦；
2）1級腫瘤推擠或壓迫下丘腦，下丘腦仍可辨認；
3）2級腫瘤侵犯下丘腦使下丘腦不可辨認。
根據腫瘤不同的位置和與下丘腦的關系采用不同的手術入路，原則是在保留下丘腦功能和視神經功能前提下制定手術策略，最大程度切除腫瘤。
2、內鏡經鼻入路
內鏡經鼻入路在頭面部無手術切口，手術通道經過鼻腔、蝶竇、鞍結節和蝶骨平臺，沿腫瘤生長軸線手術，內鏡可以抵近觀察，多數腫瘤都在直視下完成切除，手術通道不經過大腦、不跨過視神經和血管間隙手術。
優點是對大腦、視神經和頸內動脈等重要結構干擾少，相關結構手術中損傷的機會小，相關并發癥減少；
缺點是腦脊液鼻漏伴隨顱內感染的風險大于經顱手術。
此入路適用于0級和1級， 即位于鞍內、鞍內-鞍上和鞍上的顱咽管瘤。
3、顯微經顱入路
顯微經顱入路包括翼點入路、單側或雙側經額底大腦半球間入路，經終板和經胼胝體穹窿間入路，經皮層側腦室入路等。
此入路優點是發展歷史悠久，手術技術成熟，適用于切除巨大的、向鞍旁和三腦室發展，或主體位于三腦室的腫瘤，也就是適合1級和2級，即位于鞍上和三腦室的腫瘤。
缺點是有手術切口（在發際內，并不影響容貌），手術是在大腦間隙和視神經和血管之間進行操作，有損傷這些結構的風險。
由有經驗的醫生手術，風險可控。
內鏡經鼻入路和顯微經顱入路對不同顱咽管瘤各有適應證，對于既適合經鼻入路又適合經顱手術的病例，何種手術入路更安全、切除程度更高尚無定論，有經驗的醫生根據腫瘤生長特點和自己擅長的手術技術采用適合的手術入路，均可以達到良好的手術效果。
需要患者注意的是，微創技術是一個理念，并不完全取決于有無手術切口和切口的大小，對重要神經血管結構的微創才是真正的微創，采用合理的手術入路，稍大的手術切口可能比無切口和小切口更微創。