食品當中含有一定量的微生物，食品中的微生物不符合標準不但影響食品的質量，食用后對人體健康還產生危害，所以做好食品中微生物檢測很必要，食品中微生物檢測用樣品采樣數量要求，如下表所示：
檢樣種類 | 采樣數量 | 備注 |
肉及肉制品 | 生肉：250g、光禽一只； 熟肉制品如熟禽、肴肉、燒烤肉、肉灌腸、醬鹵肉、熏煮火腿250g； 其他熟肉干制品250g。 | |
乳及乳制品 | 鮮乳、干酪、消毒滅菌乳、乳粉、稀奶油、奶油、酸奶、全脂煉乳、乳精粉250g(mL) | |
蛋品 |
每件采樣250g。 | 一日或一班生產為一批，每批不少于三個檢樣。 測定菌落總數和大腸菌群：每批按裝聽過程前、中、后流動取樣三次，每次100g，每批合為一個樣品。 |
水產食品 | 魚、蝦、魚丸、蝦丸、魷魚、即食藻類食品250g。 | |
罐頭 | 按生產批次抽樣，每批每個品種不得少于三罐。 | |
冷凍飲品 | 冰棍、雪糕，每批不得少于三件，每件不得少于三支； | |
冰淇淋 | 原裝四杯為一件，散裝250g； 食用冰塊：每件樣品取250g； | |
飲料 | 桶（瓶）裝飲用水，飲用純凈水：原裝一瓶（不少于250mL）；茶飲料，碳酸飲料，含乳飲料，乳酸菌固體飲料，果樹汁飲料：原裝一瓶（不少于250mL）。 固體飲料：原裝一瓶和（或）袋（不少于250g）。 | |
茶葉 | 罐裝取一瓶（不少于250g）,散裝取250g。 | |
調味品 | 原裝一瓶（不少于250mL）。 | |
糕點、蜜餞、糖果 | 250g/mL。 | |
酒類 | 鮮啤酒、果啤、黃酒等瓶裝兩瓶為一件。 | |
非發酵豆制品及面筋、發酵豆制品 | 非發酵豆制品及面筋:定性包裝取一袋（不少于250g）；發酵豆制品: 原裝一瓶（不少于250g）。 | |
糧谷及果蔬類食品 | 定型包裝取一袋（不少于250g）, 散裝取250g。 | 包括膨化食品、油炸小食品、淀粉類食品等: |
方便面 | 定型包裝取一袋和(或)碗（不少于250g）。 | |
速凍預包裝米面食品 | 定型包裝取一袋（不少于250g）；散裝取250g。 | |
醬腌菜 | 定型包裝取一袋（不少于250g）。 | |
果凍、麥片 | 不少于250g |