（二）蛋白質和氨基酸的代謝實驗
明膠液化實驗
（1）原理：
某些可以產生一種胞外蛋白水解酶(明膠酶)，能使明膠分解為氨基酸，使明膠失去凝固能力而液化，因而使半固體的明膠培養基成為流動的液體。
（2）實驗方法：
取18～24h的斜面培養物穿刺接種，并有兩支未接種的空白對照。
（3）結果觀察：
于30℃培養20天后觀察，明膠液化的為陽性。由于室溫下明膠培養基呈液狀，因此在觀察結果時，應將其放置于4℃的冰箱中30分鐘后拿出觀察。若明膠仍能全部凝固，為陰性，有部分或全部不能凝固為陽性。
吲哚實驗
（1）原理：
某些細菌具有色氨酸酶，能分解蛋白胨水中的色氨酸產生吲哚，當加入吲哚試劑(對二甲氨基苯甲醛)后則形成紅色的玫瑰吲哚。
（2）培養基：
蛋白胨水培養基。
（3）實驗方法：
將待檢菌接種于富含色氨酸的蛋白胨水培養基中，35℃孵育24~48h，沿試管壁慢慢加入吲哚試劑，觀察結果。
（4）結果：
于兩液面接觸處出現紅色為陽性，無色為陰性。
（5）應用：
主要用于腸桿菌科細菌的鑒定，如大腸埃希菌與產氣腸桿菌，肺炎克雷伯菌和產酸克雷伯菌等的鑒別。
硫化氫試驗
（1）原理：
某些細菌能分解培養基中的含硫氨基酸產生硫化氫，硫化氫遇亞鐵離子或鉛離子則結合形成黑色沉淀物(硫化鐵或硫化鉛沉淀)。
（2）實驗方法：
將待檢菌穿刺接種于醋酸鉛培養基中，于35℃孵育24h -48h，觀察有無黑色沉淀出現。
（3）結果：
培養基變黑為陽性，不變為陰性。
（4）應用：
主要用于鑒別腸桿菌科中屬及種的鑒別，如沙門菌屬、枸櫞酸桿菌屬、變形桿菌屬、愛德華菌屬等為陽性，其它菌屬大多為陰性。但沙門菌屬中亦有部分硫化氫陰性菌株，如甲型副傷寒、仙臺、豬霍亂沙門菌等。
尿素分解試驗
（1）原理：
某些細菌具有尿素分解酶，能分解尿素產生大量的氨，使培養基呈堿性。
（2）培養基：
尿素培養基。
（3）實驗方法：
將待檢菌接種于尿素培養基，于35℃孵育18~24h小時觀察結果。
（4）結果：
培養基呈堿性，使酚紅指示劑變紅為陽性，不變為陰性。
（5）應用：
主要用于腸桿菌科中變形桿菌屬細菌的鑒定。奇異變形桿菌和普通變形桿菌脲酶陽性，另外雷氏普羅威登菌和摩根菌為陽性，而斯氏和產堿普羅威登菌陰性。
苯丙氨酸脫氨酶試驗
（1）原理：
測定細菌是否產生苯丙氨酸脫氨酶。細菌產生的苯丙氨酸脫氨酶使苯丙氨酸脫氨后生成苯丙酮酸，加入氯化鐵試劑后產生綠色反應。
（2）培養基：
苯丙氨酸瓊脂培養基。
（3）實驗方法：
將待檢菌大量接種入苯丙氨酸瓊脂培養基中，35℃孵育18~24h，滴加10% 三氯化鐵試劑3~4滴，自斜面上方流下。
（4）結果：
有綠色出現為陽性。應立即觀察結果，延長反應時間會引起退色。
（5）應用：
主要用于腸桿菌科細菌的鑒定。變形桿菌屬、普羅威登菌屬、摩根菌屬均為陽性，腸桿菌科其它細菌均為陰性。
氨基酸脫羧酶試驗
（1）原理：
某些細菌可產生氨基酸脫羧酶，能分解氨基酸使其脫羧生成胺和二氧化碳。由于胺的生成使培養基變為堿性，可用指示劑指示出來。
（2）培養基：
氨基酸脫羧酶培養基和氨基酸對照培養基。
（3）實驗方法：
將待檢菌分別接種于1支氨基酸(賴氨酸，鳥氨酸或精氨酸)脫羧酶試驗管1支氨基酸脫羧酶對照管(無氨基酸)，各覆蓋至少12.5px高度的無菌石蠟油，35℃孵育1~4d，每日觀察結果。
（4）結果：
對照管應為黃色，若為溴甲酚紫指示劑，則測定管呈紫色則為陽性，若測定管呈黃色為陰性。若對照管呈現紫色則試驗無意義，不能做出判斷。
（5）應用：
主要用于腸桿菌科細菌的鑒別。如，沙門菌屬中除傷寒和雞沙門菌外，其余沙門菌的賴氨酸和鳥氨酸脫羧酶均為陽性。志賀菌屬除宋內和鮑氏志賀菌外，其他志賀菌均為陰性。