經過提取的待測組分,提取物中通常含有與該組分結構相似的雜質,將待測組分與雜質分離的過程,稱為凈化。該步驟是樣本前處理的技術難點,也是關系到檢測結果的真實性及檢測方法可靠性的重要步驟。主要方法有固相萃取法、液液分配法、化學處理法、掃集共蒸餾法、低溫冷凍凈化法、前置色譜柱凈化法等。
固相萃取法是目前應用最多的凈化方法之一,通過吸附柱、分配柱、凝膠滲透柱、薄層板等實現,其原理是樣本的待測組分在層析柱中吸附劑上被吸附與被解吸的反復過程。常用的吸附劑有佛羅里硅土、氧化鋁、活性炭、硅膠、氧化鎂和纖維素等。
液-液分配法也是一種十分常用的凈化方法,其原理是利用待測組分在一組互不相溶的溶劑對內的分配系數不同,通過反復多次分配,使待測組分與雜質分離,以達到凈化目的。常用的溶劑對有乙腈提取液的正己烷分配、乙腈提取液的三氯甲烷分配、丙酮提取液的石油醚分配、丙酮提取液的二氯甲烷分配等。