采用各種儀器、器械、試劑，運用物理、化學原理來鑒定質量的方法叫理化檢測法。理化檢測能使食用菌的商品鑒定更精確，使人們更深入地了解食用菌的內在質量。
無論采用哪種檢驗方法，在檢測之前都要科學地抽樣，以便使樣品能反映出全體產品的質量水平。要求從全批貨物中的不同部位抽樣，每件商品隨機取樣約100g，把取出的樣品混合均勻，以四分法分取樣品，裝入密封樣品袋供檢驗用。
主要測定菇形（耳片）大小、含水量、發泡率、干濕比、雜質等。
1．菇形大小。將被檢菇（耳）類分別用分樣篩篩選，看是否符合等級規定，并算出不符合等級的比例。
2．含水量測定。常用含水量的測定有烘干減重法和水分快速測量儀測定法。
(1)烘干減重法( GB 12531)。稱取兩份各2g干菇（耳）樣品，精確至0.001g，置于已知恒重的鋁盒中，放入(135±2)℃的烘箱內烘2h，取出冷卻至室溫稱量。再烘30min，直至恒重。
(2)水分快速測量儀測定法。稱樣10g，置于水分測量儀測量盒中，調好儀表，校正指針能從最大回到零位，上好手柄，打開測量開關，用手壓柄，視指針偏轉指數即為水分質量分數。
3．干濕比指食用菌干品與浸泡吸水并濾去多余水分后的濕品質量之比，測定時精確稱樣1g或更多，求得干重。
干重=W-W（S2 - S1）
式中，W為稱取樣質量，g；S1為標準含水量為14%；S2為實際含水量，%。
將求得的干重樣品放入水中，浸泡10h，要求室內溫度在10～20℃。取出后用漏水容器濾盡滴水，稱量為濕重。一般食用菌干濕比在1：(10～15)。
4．菇蓋直徑或耳片厚度 用采收后的鮮菇測量菌蓋直徑(cm)；將檢驗干濕比并稱濕重后的木耳，用卡尺測量耳片中間厚度，即為耳片厚度。
5．雜質主要指菇、耳類在生長和采收晾曬過程中附著的沙土、小石粒、樹葉等。稱取樣品500g（或更多），用直徑0.4cm的網篩篩落灰土等雜物，檢出篩上雜物，一并收集稱量。
以上各項物理指標因各菇種不同、地區不同有很大差異。