約半數平滑肌瘤患者完全沒有癥狀，因其他疾病行胸部X線檢查或胃腸道造影而被發現。即使有癥狀也多輕微，最常見的是輕度下咽不暢，很少影響正常飲食。病程可達數月至十多年，即使腫瘤已相當大，因其發展很慢，梗阻癥狀也不重。進食哽咽可能是間歇性的，其嚴重程度與腫瘤大小和部位并不完全平行，主要取決于腫瘤環繞管腔生長的情況，與腫瘤表面黏膜水腫、糜爛有關。少數患者訴疼痛，可為胸骨后、胸部、背部及上腹部隱痛，很少劇烈疼痛。1/3左右患者有消化功能紊亂，表現為胃灼熱（燒心）、反酸、腹脹、飯后不適及消化不良等。個別患者有嘔血及黑便等上消化道出血癥狀。伴發的疾病有食管癌、食管裂孔疝、憩室、食管血管瘤及賁門失弛緩癥等。