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草莓是薔薇科植物，在世界范圍內被廣泛栽植。其約有25個種，倍性十分豐富，從二倍體到十倍體均有。森林草莓作為草莓二倍體模式種，有很大的研究價值。2018年GigaScience發表了利用PacBio SMRT三代測序技術v4.0。2019年，華中農業大學在《園藝研究》中發表了森林草莓v4.0重注釋的新版本v4.0a2。極大地促進了草莓和其他薔薇科植物的基因組學、分子生物學以及遺傳學研究，但是，其基因組質量還有提升的空間，仍然沒有達到完整的從端粒到端粒（T2T）的水平。目前，無論栽培草莓還是模式種草莓，都沒有完整的基因組，極大影響了草莓遺傳學研究和分子育種的進度。
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南京農業大學供圖
近日，南京農業大學草莓研究團隊與海南大學熱帶作物研究團隊在《園藝研究》中在線發表論文，利用超長ONT，PacBio HIFI測序技術組裝得到森林草莓完整基因組，對其進行后續注釋、分析，并構建了染色體核型演化模型，探究了八倍體草莓的祖先二倍體。
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測序使用的模式草莓外觀和各個器官，表明該模式草莓是進行草莓遺傳和育種的好材料。 陳飛供圖
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南京農業大學供圖
新版本v6.0彌補了目前可用參考基因組的所有剩余組裝空白。從外，還鑒定了7條染色體上總共14個端粒和7個著絲粒。后續注釋的編碼蛋白數量與v4.0a2相比增加1153個，BUSCO為98.8%，有較為明顯的提升。通過構建染色體核型演化模型，闡明了F. viridis和F. vesca是八倍體草莓F. × ananassa 的祖先二倍體，而F. iinumae和F. nipponica與其親緣關系較遠。研究團隊將數據整合到自己開發的草莓基因組數據庫中。
綜上，該研究利用新型測序技術對森林草莓基因組進行重新組裝和注釋，獲得了完整的基因組，為草莓的遺傳改良以及薔薇科植物的基因組學遺傳育種研究提供了重要的資源。
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