骨軟化-腎性糖尿-氨基酸尿-高磷酸尿綜合征的病因很多，可分為原發性與繼發性兩類。原發性Fanconi綜合征又分為：嬰兒型、成人型以及刷狀緣缺失型三種類型。繼發性Fanconi綜合征又包括繼發于遺傳性疾病與繼發于后天獲得性疾病。前者包括：胱氨酸儲積病、酪氨酸血癥Ⅰ型、糖原貯積病ⅠⅠ型、半乳糖血癥、遺傳性果糖不耐受、細胞色素C氧化酶缺乏癥、Wilson病、Lowe綜合征、遺傳性成骨不全、Alport綜合征、先天性腎病綜合征、維生素D依賴性佝僂依賴性佝僂病等；后者包括：腎病綜合征、移植腎、急慢性間質性腎炎、多發性骨髓瘤腎病、舍格倫綜合征、腎淀粉樣變性、重金屬中毒、藥物（過期四環素、氨基糖類抗生素、6-巰基嘌呤、順鉑等）引起的腎損害、低鉀性腎病、甲狀旁腺功能亢進以及腫瘤相關性腎病等。病因詳見表1。
幼兒兒童大多同遺傳有關，成人則多繼發于免疫病、金屬中毒或腎臟病。