（一）骨髓移植
移植的骨髓和受者之間可同時存在HVGR和GVHR。
此類移植可被應用于造血系統疾病和原發性免疫缺陷病的治療。
根據被移植骨髓的來源，骨髓移植分為自體骨髓移植、同基因骨髓移植、同種異基因骨髓移植三種類型。
為了提高移植的成功率，應進行HLA、紅細胞血型配型。對配型不理想者，可通過適當減少供體骨髓中的T細胞，以減輕GVHR。皮疹活檢、血清總膽紅素及結合膽紅素測定、腹瀉癥狀等，均有助于判斷GVHR的發生。患者造血功能的恢復可看成是移植成功。
（二）外周血和臍血干細胞移植
使用藥物動員劑促使造血干細胞從骨髓釋放到外周血，從中獲取足量的干細胞用于移植，可獲得與骨髓移植同樣的治療目的。與骨髓移植相比，具有采集方便、供者不需麻醉、移植后造血恢復快，GVHR發生率和嚴重程度不高等優點。
在進行外周血和臍血干細胞移植時，應進行相同于骨髓移植的一系列實驗室檢查。