高分辨熔解技術對于區分相同擴增子內的不同的雜合體是必要的。與高分辨率的HR-1分析方法相比，LightCycler產生的熔解曲線并不能保證分離出雜合子。如圖1所示，根據各自的4 對Tm值, 每個雜合子描繪出一條獨特的熔解曲線。這些獨特的熔解曲線的形狀通過標準化的溫度移位數據，以不同的圖形形式表現出來。在圖1A中，II因子和2個稀有雜合子（所有的家族１中的ＳＮＰｓ）可以清晰地從野生型中分離出來，并且也可以將它們彼此分離出來。在圖２Ｂ中，Ｖ Leiden因子和3個稀有的雜合子（一個ＳＮＰ，一個１-bp的缺失和一個復合雜合子）同樣有獨特的曲線。如預期所示，單個的SNPs和１-bp的缺失(單個未配對的基因座位)。在圖１Ｃ中，所有被檢測的雜合子，包括標記的ＨＦＥ突變，３稀有的ＳＮＰｓ以及２個稀有的復合雜合子都可以被清晰得彼此分離出來，并且也能與野生型分離出來。在所有這些被研究的案例中，不同的雜合子都可以被區別出來，包括那些在同一個ＳＮＰ家族中的雜合子。
在Ｖ因子和HFE的等位基因上，因為２個而不是１個不穩定的位置，因此復合雜合子可以很容易得與“單個”雜合子區別出來。非常有趣的是，純合的雙聚體與雜合的雙聚體根據其序列突變的順式和反式的不同，預測的Tm值也是不同的（在線數據補充中的表２）。這表明，熔解分析方法有可能使單倍體，至少是發生突變的單倍體處于相同的熔解結構域中。
根據其分析方法的不同，目標SNP附近的存在的意外地多態性有可能影響到基因型的鑒定。如果多態性發生在引物下面并且導致不期望的基因座位特異的PCR，所有基于PCR的方法都能進行適當的改變。 同樣的問題也適用于被用來測序或者進行延伸反應的內部引物。除此之外，一些基于PCR的方法，包括測序在內，都會識別和區分那些由于限制性片段長度多態性檢測方法和基于溫探頭檢測方法未能檢測到的多態性。用于用來挑選一系列溫度的（熔解檢測法）雜交探針方法常常可以發現預料之外的多態性的存在，但是可能需要通過進一步的研究來鑒定它們。在我們的研究中，小擴增子高分辨率的熔解方法可以區別所有被研究的雜合子。這包括２１個配對的比較，表明在小的擴增子中最隨機被選取的雜合子都可以被區分出來。
熔解分析法用來區分多序列突變的能力還存在著爭議。當野生型的探針被用在標準的低分辨率的系統中時，19%到52%的可能存在SNP的雜合子有可能被與預期的雜合子突變體相混淆。盡管在這些儀器上已經有了關于更好的溫度分辨率的報道，但是，很明顯，在探針下的稀有序列的突變有可能不能從普通標記的突變中被區分出來。類似的關于擴增子熔化溫度確定基因型已經被描述過了，并且著重講述了Ｔｍ區分變種的限制。
高分辨率熔解分析方法引入了熔解曲線形狀和Ｔｍ來區別不同的突變子。因為復合的雜合子熔解曲線包括2個同源雙鏈和2個異源雙鏈，Tm的含義并不明確，并且作為一種指標，沒有熔解曲線的形狀那么有意義。復合熔解曲線的Tm是一半的雙鏈已經熔化的溫度（傳統定義）還是衍生圖譜的峰值（普通推導）呢？
這兩種并不是一致的，因為異源雙鏈的作用，這樣的曲線在低溫度下是傾斜的。在這兩種情況下，Tm只是熔解曲線上的一個點，采用這種完全的熔解曲線，方便的以不同的模塊來顯示，可以用來區分絕大多數的雜合子（在本研究中的21中的21對隨機的配對比較）。
高分辨率的熔解分析方法分析方便，因為不需要處理步驟和分離步驟。在這種情況下，當目標片段的復雜性超過了擴增子基因型的熔解能力時，可以加入未被標記的寡核苷酸探針。除了確定基因型以外，高分辨率的熔解分析方法還可以作為一種精確的掃描突變的工具被用在中鏈酰基輔酶A脫氫酶，C-kit和SLC22A5基因以及HLA的配型上。這種方法的特異性和靈敏性比變性的HPLC更強。并且不需要在比如溫度梯度，變性梯度或者是構想靈敏膠中進行電泳分析。