血清內高半胱氨酸的高水平是心血管疾病及中風的風險因素，是這種疾病的標記。現時正研究是否高半胱氨酸的高水平本身就是一個問題或是現存問題的指標。
簡單來說，高半胱氨酸對構成結締組織的蛋白質長遠而潛在的影響在臨床研究上很難觀察。生物化學的研究認為高半胱氨酸影響半胱氨酸及賴氨酸的功能及結構，會使動脈的三個主要結構蛋白（膠原蛋白、彈性蛋白及多糖蛋白）衰退及影響它們生長。2006年有一項研究，在治療上指攝取維他命以減低高半胱氨酸恢復破壞的動脈結構尚未有顯著的成效，雖然整體死亡率并沒有明顯改變，但是有助于患有嚴重動脈衰竭的病人，中風個案下降了25%。