HBO治療的禁忌證都是相對的，只要醫務人員注意學習和總結，不斷的提高自己，就可以消除不利因素，及時為病人行HBO治療。
1、未經處理的氣胸和活動性出血，無醫務人員陪同不能進艙治療。如病情需要，可在醫務人員陪同下，邊處理邊治療。
2、血壓過高：一般認為血壓超過21.33/14.67kPa不能接受治療。臨床上通常較靈活的處理這類病人，如病人前一天血壓26/14.67kPa，經處理血壓降為22/14.67kPa，雖然血壓仍然較高，也可以酌情給予治療。若病人平時血壓偏低，雖然血壓不高，比如18/12kPa，但病人有頭痛、惡心、心跳加快等，無工作人員陪同也不能進艙治療。
3、嚴重肺氣腫疑有肺大泡者。如需治療該種病人應注意在減壓時避免屏氣，除去容易引起咳嗽等使肺泡壓力升高的因素，必要時醫務人員陪艙。
4、上呼吸道感染時，有引起中耳氣壓傷和副鼻竇氣壓傷的危險。 較重的上呼吸道感染應暫停治療，較輕的病人可酌情給于治療。
5、患有流感、肺結核、肝炎等傳染病的病人應與其它病人隔離。
6、過去有人認為癲癇病人不宜HBO治療。發作較輕的病人，不必限制治療；嚴重的癲癇發作有些是腦損傷引起的，腦損傷不治療，癲癇也不會消失，只要有醫務人員陪艙，癲癇患者同樣可以接受治療。
7、妊娠：動物實驗證明妊娠早期行HBO治療，可增加先天性畸形的發病率，但沒有實驗證明人的情況。如有緊急情況，如CO中毒等，則應首先考慮孕婦的治療。曾有數家報道，懷孕期間行高壓氧治療的孕婦所產的兒女未見異常。更有人在HBO下為患有心臟病、肺病等不同程度缺氧的母親分娩，所有母親及胎兒的情況改善，未見并發癥和后遺癥。也有人對患有呼吸窘迫綜合癥的新生兒使用了高壓氧，發現生產后1-3小時應用HBO者75%康復。有人建議，患有心臟病、敗血癥、貧血、高血壓、胎盤功能不全、腎病或胎兒宮內窘迫的孕婦應在HBO下分娩。