HDL是多向分散體系，基于水化密度、顆粒大小、帶電荷及構成的載脂蛋白種類的不同可將其進行不同分類。
通過密度梯度離心，HDLs可分為HDL2、HDL3和VHDL；
通過梯度凝膠電泳又可將HDL分為HDL2b，2B，3a．3b，3c。通過磁共振可將個體HDL脂蛋白基于顆粒大小進行分類。
此外，雙向凝膠電泳也是一種非常有效的分類方法，它可將HDL顆粒分為乏脂的前-β1，與前-β2：脂蛋白以及成熟的含a-HDL的球形膽固醇酯。
基于構成的載脂蛋白不同將HDL進行分類的方法還為進一步理解HDL功能及其代謝提供了重要的幫助。
脂蛋白(Lp)A-I與LpA-I：A-II是HDL中富含最多的兩種蛋白，而LpE與LpE：A-I,貝lJ是HDL中最為重要的較小脂蛋白 。