在電鏡下，高爾基復合體是由一-組 扁平囊和周圍大量大小不等的囊泡組成的膜性立體網狀結構。在大部分細胞中，有明顯極性，-般由 3~ 10層略彎曲的扁平膜囊平行排列形成高爾基堆。主要有三部分:①順面高爾基網:也稱凸面、形成面或順面，囊膜較薄，接受來自于內質網的包含新合成物質的小囊泡，并進行分選，然后將大部分物質送高爾基中間膜囊，一小部分再形成新的囊泡返回內質網。②高爾基中間膜囊:由扁平膜囊組成，相鄰兩者之間互相間隔，但又相通，在功能上是連續、完整的體系。③反面高爾基網:也稱凹面、成熟面或反面，囊膜較厚，是位于高爾基復合體反面最外層的管網狀結構，并與一些未成熟分泌泡相連，周圍可有一些成熟的分泌囊泡。
順面高爾基網的功能是分選來自內質網新合成的蛋白質和脂類，分選后將其大部分轉入高爾基中間膜囊，其中含有內質網蛋白駐留信號的一-小部分再返回內質網。高爾基中間膜囊的功能是合成多糖，對糖蛋白進行糖基化修飾、加工，以及合成糖脂等。反面高爾基網的功能是對蛋白質進行濃縮和修飾，然后這些蛋白質由分泌泡輸出細胞或運向溶酶體。