高效毛細管電泳儀的分離過程是在緩沖液中進行,緩沖液的選擇直接影響顆粒的遷移和分離。緩沖液的選擇要求是在所選的pH范圍內有較強緩沖能力,在檢測波長處紫外吸收低,電泳淌度小。
可先用磷酸鹽緩沖體系為選擇基礎,初步確定pH范圍后,再進一步選出更好的pH和緩沖試劑。磷酸鹽是毛細管電泳中常用的緩沖液體系之一,它的紫外吸收低,pH緩沖范圍較寬(pH = 1.5~13),但電導率較大。
實驗表明,對于蛋白質、肽和氨基酸等兩性樣品,采用酸性(pH = 2)或堿性(pH>9)分離條件,比較容易得到好的分離結果。糖類樣品通常在pH = 9~11能獲得分離。羧酸或其它樣品多在p H= 5~9選擇分離條件。
pH的選擇也和所用的毛細管種類有關。許多涂層毛細管只能在一定的pH范圍內工作,如聚丙烯酰胺涂層毛細管在3<pH<8范圍外工作,其涂層容易水解失效。
在相同的pH下,不同緩沖液體系的分離效果不盡相同,有的可能相差甚遠。一般經驗是能與樣品發生相互作用的試劑可能是常用的試劑。如在分離糖類和DNA等分子時,優先使用硼酸鹽緩沖液體系。因為硼酸根能與糖羥基形成配位鍵,增加糖的負電荷和分離度。硼酸鹽緩沖液體系也適用于其它含鄰位羥基或多羥基化合物的分離。
緩沖試劑和pH調節劑的濃度也需要優化。緩沖試劑的濃度一般控制在10~200mmol/L。電導率高的緩沖試劑如磷酸鹽等的濃度多控制在20mmol/L左右,電導率低的試劑如硼酸鹽和HEPES等的濃度可控制在100mmol/L以上。有時為了抑制蛋白質吸附等,可采用很高(>0.5mol/L)的試劑濃度,此時要注意降低分離電壓。
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