留在進樣閥注射針導入口的殘余樣品易引起交叉污染（Cross Contamination），在重復進樣時會給工作帶來影響。在正常情況下不必每次進樣后都沖洗進樣閥注射針導入口。但是，在進樣針頭插入或拔出過程中，會有痕量的樣品沉積在針頭密封區域，這樣，就需要在工作結束時或進樣間歇時，用附帶的聚四氟乙烯針和注射頭注入水或甲醇、乙腈清洗進樣閥注射針導入口，此時進樣閥手柄應向右轉處于（Inject）位，注意不要把針頭插入。
注意：當進過高濃度樣品時，更要及時清洗。
