原理是一致的。
不同的地方一個是儀器，一個是色譜柱。
后者超高效液相色譜，可以縮短檢測時間，節省時間，節省流動相，大大地提高了效率。
先說色譜柱，超高效液相色譜柱的粒徑會更小，柱子也更短。如果說樣品流過液相色譜柱的感覺是流過滿是石頭的管路，那么超高效液相色譜柱就是裝滿了沙子的管路。一般液相色譜柱的粒徑是5um，超高效液相色譜柱的粒徑有3.5um，3.0um，甚至有1.7um。這樣樣品和固定相的吸附會更加充分，分離也會很快。
再說儀器，剛才說到的滿是沙子的管路，因為色譜柱的粒徑減小，所以柱壓會大大提高。這樣普通的液相色譜儀也就不耐受這種高壓了。所以超高效液相色譜儀，從泵，到各個管路都是耐高壓的。這樣可以充分發揮色譜柱的作用，快速分離樣品。