如果高效液相色譜儀系統壓力過高，首先判斷壓力產生的位置，然后采用分段拆卸的方法進行判斷一般從后向前拆，首先斷開色譜柱與檢測器的連接，壓力不會明顯下降或下降，檢測器不會被堵塞，檢測器也不會被堵塞；然后拆色譜柱，壓力會明顯下降，色譜柱會有問題，否則泵的出口會堵塞，柱沒有問題。當確定該列存在問題時，有以下原因：
1.大量非洗脫物質吸附在保護柱或柱頭上，如中藥樣品長期溶于甲醇或含有高分子材料和蛋白質的樣品長期使用后，將流動相中不能溶解的物質在柱頭或保護柱中分離出來，堵塞色譜柱，增加柱壓。
2.將多元素泵與緩沖鹽溶液和有機相混合，緩沖液濃度過高或有機相比例過大時，在柱頭上沉淀混合緩沖液，增加柱壓。
流動相甲醇的比例在45%～60%之間流動相粘度大柱壓高。
4.柱長時間不使用溶劑干燥使用的初始柱壓力升高。
5.長期不用液相色譜柱飽,色譜柱的溶液為水或低濃度甲醇濃度小于10%細菌在色譜柱中生長柱壓升高。
6.不開發及時清洗液相色譜柱的習慣未及時清洗上一次實驗中的樣品殘留物。
7.用含緩沖鹽的流動相更換流動相前未用10%甲醇或水沖洗導致緩沖鹽在柱內分離。
8.保護柱失效或太臟無法及時更換。