甲醇和乙腈在高效液相色譜分析法中常常被用來配制流動相。高效液相色譜法中常用的試劑最好是高等級的專用試劑，如色譜純試劑。在要求不太嚴格時，優級純甚至分析純的試劑也能用。高效液相色譜分析法中常用的是紫外檢測器，因此，從降低基線噪音和提高分析靈敏度上來考慮，應該使用紫外吸收小且雜質含量少的色譜純試劑。
1、流動相的過濾。配制好的流動相在使用前一定要先用0.5um孔徑的微孔濾膜來過濾。這是因為溶液中含有很多肉眼難以發現的微小顆粒，如果不把它們濾除掉，就會堵塞泵口、柱頭上的過濾器，這樣就堵塞了流動相的正常通道，使色譜柱的阻力增加，柱壓升高，柱效下降。碰到這種情況時，要換用經過濾的流動相，并將堵塞的濾器拆下來浸泡在20%的硝酸水溶液中以超聲波清洗機清洗20分鐘，以除去濾片上的堵塞物。
2、流動相的脫氣。流動相在使用前必須脫氣，以盡可能的除去溶解在流動相中的氣體，否則，這些氣體會使柱填料的性能降低，還能夠對檢測器的信號產生很大的干擾。脫氣有多種方法，如超聲脫氣、真空脫氣、氮氣脫氣等。真空脫氣法和氮氣流脫氣法是目前最常用的脫氣法。水和甲醇混合后會產生大量的氣泡，如果不脫氣就使用，氣泡就會進入色譜柱和檢測器，并將影響分析工作的正常進行。