首先要經常清洗流動相儲液瓶，或者每做一批新樣品更換一次流動相。一個臟的儲液瓶將會污染注入的流動相。建議儲液瓶中緩沖液使用時間不要超過一周，而有機溶劑使用時間不要超過一個月。也有人建議儲液瓶中保持用溶劑充滿，直到更換分析方法儲液瓶需更換新溶劑（流動相組成發生變化）時，將舊溶劑倒掉更換新溶劑，這樣勝于將溶劑用完。但這對于分析樣品量少的實驗室而言似乎有些浪費。儀器公司的工程師建議儲水瓶的水要天天換，每周瓶子還應該用異丙醇清洗一次。有的實驗室則在水里加入0.1～1 mM的甲酸抑制微生物的生長。這些做法看起來有些繁瑣，但卻能起到“磨刀不誤砍柴工”作用。